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（三）由于抵押权是从权这一物权上设定的他项权利——担保物权，即限制物权，其主要作用在于限制抵押人对抵押房地产的处分权利，未经抵押权人同意，抵押物不得进行转让、出租等处分，以避免担保悬空，所以登记机关只能从不动产的交易权属登记机关中指定，不能委托其他部门。
（1）《登记办法》允许就大部分的动产和权利类型进行担保登记，但不包括机动车抵押、船舶抵押、航空器抵押、债券质押、基金份额质押、股权质押和知识产权中的财产权质押，此类抵押及质押需在其他主管部门办理登记手续。
一般而言，如果需要分割抵押的部分属于不动产的组成成分，则在法律上与该不动产为一体，不能就某部分设定独立的抵押权，比如构成房间的墙体。如果有独立的交换价值，在交易上可以认为是独立物，有权利公示的方法，可以确定为独立的抵押物，比如地下车位。宗地的一部分要作为抵押物，要按照不动产单元设定标准将其分割另立一宗并进行分割登记，赋予不动产单元号后方具有独立性，才能申请抵押权登记。共有人可以就共有不动产的应有部分设定抵押权并登记，但共有人之一取得其他共有人应有部分的全部而具有完全所有权后，只能就该土地的整体设定抵押权。
另外，由于没有在各抵押登记部门之间建立起必要的沟通制度，导致了债务人重复抵押登记，骗取贷款人资金，损害债权人利益现象的发生，带来了一些不必要的混乱和纠纷。如某债务人以无地上定着物的土地使用权向贷款人甲银行作抵押，并在土地管理部门办理登记;此后此债务人在同一片土地上建筑房产，待办理合法的产权证后，又用房产向贷款人乙银行作抵押，在房产部门办理抵押登记，这就发生了债务人重复抵押，债权人权利发生冲突的问题。这便是由于登记机关分属不同的行政机关，缺乏相互间联系而造成的不应有的结果。